Ko je sistem CNC aktiviran, se želeni rezi programirajo v programsko opremo in narekujejo ustreznim orodjem in strojem, ki izvajajo dimenzionalne naloge, kot je določeno, podobno kot robot.

Pri CNC programiranju bo generator kode znotraj numeričnega sistema pogosto domneval, da so mehanizmi brezhibni, kljub možnosti napak, ki je večja, kadar je CNC stroj usmerjen k rezanju v več kot eni smeri hkrati.Postavitev orodja v numerični krmilni sistem je opisana z nizom vnosov, znanih kot obdelovalni program.

Pri stroju za numerično krmiljenje se programi vnašajo prek luknjanih kartic.Nasprotno pa se programi za CNC stroje prenašajo v računalnike prek majhnih tipkovnic.CNC programiranje je shranjeno v pomnilniku računalnika.Samo kodo napišejo in uredijo programerji.Zato sistemi CNC ponujajo veliko večjo računalniško zmogljivost.Najboljše od vsega pa je, da sistemi CNC nikakor niso statični, saj je mogoče z revidirano kodo dodati novejše pozive že obstoječim programom.